化糞池的清潔周期與糞便污水的溫度、建筑物的性質、排水質量和水的流量直接相關。如果清洗化糞池的周期過短，化糞池內的溶液濃度會過高，與實際化糞池的浸泡周期相差太大，嚴重影響正常發酵和污水處理的效果，甚至導致糞便溢出。
化糞池的清潔周期與糞便污水的溫度、建筑物的性質、排水質量和水的流量直接相關。如果化糞池的清洗周期過短，化糞池內的溶液濃度會過高，導致與化糞池實際浸泡周期有較大差距，嚴重影響正常發酵和污水處理的效果，甚至導致糞污溢出，影響周圍環境衛生。如果化糞池清洗的設計周期過長，那么化糞池的容積就會過大，從而增加成本。因此，人們經常要求化糞池的清洗周期應為3~12個月，但現在實際檢查大多為3~9個月。這是因為酸發酵的階段是三個月，而降酸的周期是5個月左右。
截至目前，化糞池清洗周期的決策時間應綜合考慮污水處理效果、成本和管理三個因素，因此化糞池的清洗周期一般不能少于一年。在清理化糞池的過程中，需要先用鐵鉤打開化糞池的蓋板，然后用長達8米的長竹竿將化糞池內部的雜物粘結層角質化。然后，把吸糞車開到工作地點，把軟管放在里面，然后啟動車的開關把固體物質吸出來，直到把里面的結塊物質吸干凈。
在工作過程中，要防止弄臟工作現場和路人的衣服。然后蓋上化糞池的井蓋，用清水清洗周圍的工具和工作場地。化糞池的浸泡期為一年。化糞池清理后，要觀察井內無漂浮物，保持出入口暢通。防止污水溢出地面。化糞池井蓋打開后10~15分鐘，不能袖手旁觀池，嚴禁在池內點火或吸煙。這是為了防止沼氣著火，不能直接下到室內工作。這是為了防止中毒或落水。
化糞池井蓋打開后，工作人員不能離開現場。只有井蓋清理干凈了，他們才能走開。化糞池清洗過程中，需要使用儀器檢查是否含有有毒氣體。只有在沒有有毒氣體的情況下，才能組織車輛對化糞池內的漂浮物進行抽水。抽水完成后，用污水泵將里面的水排出。清洗車經過二次處理后，將沉淀物和淤泥稀釋，排出一些隱藏在底部的氣體，然后排出污水，用儀器再次檢測。
